Kvalifikovaný certifikát je zvláštny typ certifikátu, ktorý používa Európska únia aj Slovenská Republika vo svojej legislatíve.

Zvláštny nie je syntaxou – je podmnožinou certifikátu popísanom v predošlej časti, tj. certifikátu podľa RFC-3280. Zvláštnosť je v právnej oblasti. Cieľom je zrovnoprávniť elektronický podpis a fyzický podpis rukou. Kvalifikovaný certifikát sa vydáva konkrétnemu človeku (nie serveru). U kvalifikovaných certifikátov nestačí, aby mali 2 osoby iba jednoznačné a rôzne predmety, ale musia mať aj rozdielne verejné kľúče.

V SR je použitie kvalifikovaného certifikátu vymedzené zákonom o elektronickom podpise. Formáty kvalifikovaného certifikátu sú určené Národným Bezpečnostným Úradom Slovenskej Republiky. Touto problematikou sa zaoberá aj RFC-3039.

Zákony ktoré musí kvalifikovaný certifikát spĺňať:

Zákon NR SR č. 215/2002 Z.z. o elektronickom podpise

Vyhláška NBÚ č. 537/2002 Z.z., o formáte a spôsobe vyhotovenia zaručeného elektronického podpisu, spôsobe zverejňovania verejného kľúča úradu, postupe pri overovaní a podmienkach overovania zaručeného elektronického podpisu, formáte časovej pečiatky a spôsobe jej vyhotovenia, požiadavkách na zdroj časových údajov a požiadavkách na vedenie dokumentácie časových pečiatok (o vyhotovení a overovaní elektronického podpisu a časovej pečiatky).

Vyhláška NBÚ č. 538/2002 Z.z., o formáte a obsahu kvalifikovaného certifikátu, o správe kvalifikovaných certifikátov a o formáte, periodicite a spôsobe vydávania zoznamu zrušených kvalifikovaných certifikátov (o kvalifikovaných certifikátoch).

Vyhláška NBÚ č. 539/2002 Z.z., ktorou sa ustanovujú podrobnosti o požiadavkách na bezpečné zariadenia na vyhotovovanie časovej pečiatky a požiadavky na produkty pre elektronický podpis (o produktoch elektronického podpisu).

Vyhláška NBÚ č. 540/2002 Z.z., o podmienkach na poskytovanie akreditovaných certifikačných služieb a o požiadavkách na audit, rozsah auditu a kvalifikáciu audítorov.

Vyhláška NBÚ č. 541/2002 Z.z., o obsahu a rozsahu prevádzkovej dokumentácie vedenej certifikačnou autoritou a o bezpečnostných pravidlách a pravidlách na výkon certifikačných činností.

Vyhláška NBÚ č. 542/2002 Z.z., o spôsobe a postupe používania elektronického podpisu v obchodnom a administratívnom styku.